物质索引#
简单分子#
硝酸根#
分子式：NO₃⁻，SMILES: O=[N+]([O-])[O-]
磷酸根#
分子式：PO₄³⁻，SMILES: [O-]P(=O)([O-])[O-]
乙醇#
分子式：C₂H₅OH，日常中被称为酒精，SMILES：CCO
乙醛#
分子式：C₂H₄O，人体肝脏会把乙醇分解为乙醛，剧毒，SMILES：CC=O
乙酸#
分子式：CH₃COOH，日常中被称为醋酸，多由酒精通过醋酸菌发酵而成，SMILES：CC(=O)O。
己烷#
jǐ wán，分子式：C₆H₁₄，碳碳单键，SMILES：CCCCCC
己烯#
jǐ xī，分子式：C₆H₁₂，碳碳双键，SMILES：C=CCCCC。
己炔#
jǐ quē，分子式：C₆H₁₀，碳碳三键，SMILES：C#CCCCC。
苯#
běn，分子式：C₆H₆，芳香环，SMILES：c1ccccc1。
糖类#
葡萄糖#
Glucose，分子式：C₆H₁₂O₆，SMILES: OCC1OC(O)C(O)C(O)C1O。
半乳糖#
D-Galactose，分子式：C₆H₁₂O₆，SMILES： OCC1C(O)C(O)C(O)OC1O
葡萄糖和半乳糖 C4 羟基的上下方向上不同，不带 @/@@ 手性标记的骨架 SMILES 是看不出区别的。
果糖#
Fructose，分子式：C₆H₁₂O₆，分子式和葡萄糖一样，环结构有差别，SMILES: O1C(CO)C(C(C1(CO)O)O)O。
蔗糖#
zhè táng，Sucrose，分子式：C₁₂H₂₂O₁₁，SMILES: OCC1OC(OC2(CO)OC(CO)C(O)C2O)C(O)C(O)C1O。
蔗糖也称为食用糖，由一个葡萄糖分子和一个果糖分子组成。
麦芽糖#
Maltose，分子式：C₁₂H₂₂O₁₁，SMILES: OCC1OC(OC2OC(CO)C(O)C(O)C2O)C(O)C(O)C1O。
一个麦芽糖分子由两个葡萄糖分子组成。
乳糖#
Lactose，分子式：C₁₂H₂₂O₁₁，SMILES: OCC1OC(O)C(O)C(O)C1OC1OC(CO)C(O)C(O)C1O。
一个乳糖分子由一个葡萄糖分子和一个半乳糖分子组成。
核糖#
Ribose，分子式：C₅H₁₀O₅，与果糖类似，少了一个碳原子和一个氧原子，SMILES: OCC1OC(O)C(O)C1O。
脱氧核糖#
Deoxyribose，分子式：C₅H₁₀O₄，与核糖相比少了一个氧原子，SMILES: C1C(C(OC1O)CO)O。
脂类#
丙三醇#
分子式：C₃H₈O₃，又名甘油，SMILES：OCC(O)CO。
癸酸#
分子式：C₁₀H₂₀O₂，SMILES：CCCCCCCCCC(=O)O。
三癸酸甘油酯#
分子式：C₃₃H₆₂O₆，分子量：555 Da，SMILES：CCCCCCCCCC(=O)OCC(COC(=O)CCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCC。
胆固醇#
Cholesterol，分子式：C₂₇H₄₆O，分子量：387 Da，SMILES: CC(C)CCCC(C)C1CCC2C3CC=C4CC(O)CCC4(C)C3CCC12C。
氨基酸#
甘氨酸#
Glycine，SMILES：NCC(=O)O
丙氨酸#
Alanine，SMILES：CC(N)C(=O)O
缬氨酸#
xié，Valine，人体不能合成，SMILES：CC(C)C(N)C(=O)O
亮氨酸#
Leucine，人体不能合成，SMILES：CC(C)CC(N)C(=O)O
异亮氨酸#
Isoleucine，人体不能合成，SMILES：CCC(C)C(N)C(=O)O
脯氨酸#
Proline，SMILES：OC(=O)C1CCC[NH+]1
丝氨酸#
Serine，SMILES：O=C(O)C(N)CO
苏氨酸#
Threonine，人体不能合成，SMILES：CC(O)C(N)C(=O)O
半胱氨酸#
Cysteine，含硫，SMILES：O=C(O)C(N)CS
甲硫氨酸#
Methionine，人体不能合成，含硫，也称为蛋氨酸，SMILES：CSCCC(N)C(=O)O
天冬酰胺#
tiān dōng xiān àn，Asparagine，SMILES：NC(=O)CC(N)C(=O)O
谷氨酰胺#
gǔ ān xiān àn，Glutamine，SMILES：NC(=O)CCC(N)C(=O)O
苯丙氨酸#
Phenylalanine，人体不能合成，SMILES：O=C(O)C(N)Cc1ccccc1
酪氨酸#
Tyrosine，SMILES: O=C(O)C(N)Cc1ccc(O)cc1
色氨酸#
Tryptophan，人体不能合成，SMILES：O=C(O)C(N)Cc1c[nH]c2ccccc12
组氨酸#
Histidine，杂环芳香，SMILES：O=C(O)C(N)Cc1c[nH]cn1
天冬氨酸#
Aspartic，SMILES：O=C(O)CC(N)C(=O)O
谷氨酸#
Glutamic，SMILES：O=C(O)CCC(N)C(=O)O
赖氨酸#
Lysine，人体不能合成，SMILES：NCCCCC(N)C(=O)O
精氨酸#
Arginine，SMILES：NC(=N)NCCCCC(N)C(=O)O
含氮碱基#
腺嘌呤A#
Adenine，分子式：C₅H₅N₅，SMILES：Nc1ncnc2[nH]cnc12。
鸟嘌呤G#
Guanine，分子式：C₅H₅N₅O，SMILES：O=c1[nH]c2ncnc(N)c2[nH]1。
胞嘧啶C#
Cytosine，分子式：C₄H₅N₃O，SMILES：Nc1cc[nH]c(=O)n1。
胸腺嘧啶T#
Thymine，分子式：C₅H₆N₂O₂，SMILES：Cc1c[nH]c(=O)[nH]c1=O。
尿嘧啶U#
Uracil，分子式：C₄H₄N₂O₂，SMILES：O=c1[nH]cc[nH]c1=O。
腺苷与磷酸#
腺苷#
Adenosine，分子式：C₁₀H₁₃N₅O₄，SMILES：Nc1ncnc2ncnc12C1OC(CO)C(O)C1O。
腺苷一磷酸AMP#
Adenosine monophosphate，分子式：C₁₀H₁₄N₅O₇P，SMILES：Nc1ncnc2ncnc12C1OC(COP(=O)(O)O)C(O)C1O。
腺苷二磷酸ADP#
Adenosine diphosphate，分子式：C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂，SMILES：Nc1ncnc2ncnc12C1OC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C(O)C1O。
腺苷三磷酸ATP#
Adenosine triphosphate，分子式：C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃，SMILES：Nc1ncnc2ncnc12C1OC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C(O)C1O。
参考资料#
- 《漫画生物学》拉里·戈尼克，戴维·威斯纳
- 《控糖革命》杰西·安佐斯佩